Gratuito sí, sin duda, el mejor. Fácil de utilizar, potente. En general es más que suficiente para cualquier proyecto que empieza. E incluso los ya establecidos durante mucho tiempo que no le estén sacando el máximo partido verán muchísima luz si se les enseña a exprimirlo.
Comparado con los sistemas de pago tiene varias limitaciones, pero una especialmente importante: el muestreo de datos.
Eso significa que ante determinados volúmenes de datos -sobre todo al cruzarlos entre sí- Google Analytics Free no tendrá la capacidad de realizar los cálculos en bruto, sino que utilizará extrapolaciones estadísticas (en ocasiones en base a segmentos muy muy reducidos). Como resultado, se generan datos incompletos o poco fiables.
Aparte de eso, tiene límites en cuanto a número diferente de URLs que puede registrar, variables/dimensiones personalizadas, eventos, etc. Pero nada que nos acabemos rápidamente si empezamos de cero.
En mi opinión, sólo vale la pena pasarse a GA Premium o cualquier otra herramienta de AW de pago (que son bastante costosas, por cierto) si manejamos volúmenes ENORMES de datos o tenemos necesidades muy complejas de segmentación y cruce de datos.